在公司“一套人马，两块牌子”的情况下，如果其中一个公司是法人实体，那么另一个公司的员工可能会认为他们是在为两个不同的公司工作。在这种情况下，公司应该明确说明员工的工作关系和职责范围，以避免混淆。

　　此外，在确定用工主体的过程中，还需要考虑以下因素：

　　1.劳动合同的签订：如果员工与两个公司都签署了劳动合同，则需要确认哪个合同更具有约束力；

　　2.用工管理制度：公司应制定统一的用工管理制度，包括工资、福利待遇等内容，以确保所有员工在同一平台上接受相同的管理和服务；

　　3.公司名称和标识的使用：公司应该统一使用同一品牌名称和标识，避免员工对公司身份产生混淆；

　　4.财务管理：公司应该建立清晰的财务制度和账目记录，以便于监管和控制资金的流动和使用情况。

　　综上所述，公司在进行用工主体认定时，需要综合考虑上述因素，并采取相应的措施来确保员工的权益得到保护和管理的一致性。